Die Story von Wahread läuft parallel zu der von Crysis ab.
Nomad (den man in Crysis verkörperte) und Psycho scheinen die letzten Überlebenden des Raptor-Teams zu sein. Die beiden Delta Force operieren nun unabhängig auf verschiedenen Seiten der Insel. Im Verlauf der Handlung stellt sich ein Container als Psychos Hauptziel heraus, indem das US-Militär eine größere Atomwaffe vermutet - frei übersetzt der namensgebende „Warhead“.

Eine Verfolgungsjagd über die ganze Insel beginnt, während eine dritte Außerirdische Partei das Leben der Gejagten sowie der Jäger weiter erschwert.